チャプターセレクト
メインメニューの「SYSTEM」から「CHAPTER SELECT」が追加され、好きなチャプターを何度でもやり直す事ができる。その章でクエストがある場合、一時的に初期化される。章の途中でほかのチャプターを選ぶと元の状態に戻る。
難易度HARD追加
チャプターセレクトでチャプターを選んだ時、選べる難易度に「HARD」が追加される。敵の強さがNORMAL時より跳ね上がり、さらに移動中も戦闘中もアイテムが使えず、休憩ポイントを利用した時にHPのみでMPが回復しない。チャプター中に難易度変更する事もできなくなる。これを全チャプタークリアすることで獲得できるトロフィーもある。
また、難易度HARDでボスを倒した時などにSP上昇するスキルアップブックを入手できるようになっている。
プレイログ追加
メインメニューの「SYSTEM」から「PLAY LOG」が追加。
各種やりこみ、コレクター要素に関しての状況を確認できる。
経験値とAPにボーナス
敵を倒した時に得られる獲得経験値が2倍、獲得APが3倍になる。レベルを上限の50にするにも簡単になり、マテリアをマスターさせるのも楽になる。特にバトルレポートの「魔力消費のメカニズム」を達成するにあたってAP3倍は救済措置となる。
新たなバトルシミュレーター
チャプター17をHARDでプレイした場合に、新たなバトルシミュレーターをプレイできる。
詳しくは神羅バトルシミュレーター参照。
バイクゲームがスキップできる
チャプター4とチャプター18の冒頭にあるバイクゲームをスキップする事ができる。
OPTIONSボタンを押すと「バイクゲームをスキップする」という項目が追加されているので選べばスキップする。
なお、チャプター4の方は飛ばした場合はジェシーからの評価は低くなる。
その他2回目以降のプレイについて
チュートリアルについて
何らかの要素が初めて出てきた場合はそのたびにチュートリアルが出たが、二回目以降のプレイでは出なくなっている。
宝箱について
初回プレイで回収した宝箱もまた復活しているので回収できるが、武器、防具、アクセサリ、貴重なマテリアに関しては1度しか取れず、2回目以降はなんらかの代替品を入手出来るようになっている。
チャプター9のダンス練習
初回プレイではクラウドの女装イベントの際のダンスの練習は必須になっているが、チャプターセレクトした場合は「スキップしますか？」と出て「はい」を選ぶと練習せずに本番へいける。