戦闘システム

過去作ではランダムエンカウントだったが、フィールドに悪魔が見えており、接触すると戦闘に入る「シンボルエンカウント」方式となっている。

戦闘システムは、女神転生シリーズではおなじみとなっている「プレスターンバトル」のシステムを今作でも踏襲している。
敵の弱点を突くことで行動回数が増えてより有利に戦えるというもの。弱点を突けば一方的に攻撃できるが、敵も同じ条件なので敵の攻撃属性とこちらの弱点には注意する必要がある。

仲魔と悪魔会話

仲魔システムについてもおなじみのシステム。
戦闘中に「TALK」を選択することで敵悪魔と会話することができ、選択やアイテムを与えることなどで仲魔に引き入れることができる。
本作では「月齢」が仲間会話に影響し、新月や満月の時は悪魔の機嫌が変動する。
また、特定の悪魔を味方に連れている場合は敵悪魔と特殊な会話が発生することがある。

引き入れた仲魔はレベルがあり、経験値を得ることで成長しスキルを習得していく。

悪魔合体

これもまた女神転生シリーズの代名詞的なシステム。
仲魔にした悪魔同士を合体させることでより強力な悪魔を生み出す。
詳しくは悪魔合体へ。

物語の分岐

ゲーム中に選んだ選択ごとに物語が変化するのも、女神転生シリーズの恒例。
規律を重んじるロウ、混沌を好むカオス、その中間のニュートラルの属性ごとに分岐が生まれるのが過去作の基本だが、今作でも同じような分岐があると思われる。

クエスト

特定の人物(悪魔)から依頼を頼まれる場合がある。
「クエスト」として受注し、達成すれば報酬をもらえる。