本作はエピソードごとに特定の地域マップに分かれており、そのマップを分割したエリアごとに「クエスト」が設定されている。
拠点となる前哨基地もあり自由に出入りできる。基地で準備を整えたり戦力を強化しつつ、クエストに挑むことになる。
クエストには「サブクエスト」と「メインクエスト」がある。銀がサブクエスト発生ポイント、金がメインクエスト発生ポイント。
メインクエストをクリアすることでそのエピソードはクリアとなる。
ただし、クエストに挑むにはその隣のクエストをクリアしなければならない。
そしてメインクエストが発生するエリアはマップの奥に存在するので、そこまでいくつかのサブクエストをクリアする必要があることになる。
なお、サブクエストは1度クリアしても何度でもプレイできる。
サブクエストをクリアした時には「作戦資源」を入手できる。
作戦資源は各エピソードのメインクエストで「作戦」を選ぶときに必要となる。
サブクエストの中で紫色になっているものは高難易度サブクエストで、何らかの制限がかかっているものとなっている。
エピソード7からは「外伝」がプレイできるようになる。
メインシナリオとは関係のないクエストで、前哨基地を選んだ時に「外伝選択へ」を選ぶとプレイできる。
サブクエストの場合、一度クリアしてもそのエピソード中ならば何度もプレイできる。
メインクエストはクリアすればエピソードクリアとなるので再度プレイはできない。
しかし、エピソード5からは前哨基地でフリー戦闘が可能になる。
これは一度クリアしたクエストをサブでもメインでも自由にプレイできるもの。
Sランク報酬を獲得していないクエストの場合、フリー戦闘で達成しても入手できるため、終了したエピソードのクエストのものでも挽回できる。
外伝のクエストでもサブクエスト、メインクエスト同様にプレイできる。
ただし、各エピソード中に発生するエクストラクエストだけはフリー戦闘の一覧に登録されない。
ゲームスタイルが「クラシック」の場合、フリー戦闘で死亡した場合でもキャラはロストしてしまうので注意。
サブクエストが設定されているエリアには「調査地点」が存在する。
これはそのエリアのサブクエストをクリアすることで訪れることができるようになり、何らかのアイテム等を入手できる。
以下のような種類がある。
次のエピソードへ進んでしまうと調査地点を調べることはできなくなるので、メインクエストをクリア前に全て回収しよう。
調査地点には数字が出ているものが発生する場合があり、これは「エクストラクエスト」という。
これは多くの報酬を獲得できるクエストが発生する地点だが、新たな場所を制圧するたびに数字が減っていき、0になると消滅する。
クエストを選択するとブリーフィングへと移行する。移行後も「進軍マップに戻る」を選ぶことで進軍マップには自由に戻れる。
ブリーフィングでは基地や進軍マップと同じく戦力の確認や「身支度」によるキャラのカスタマイズが行える。
ここで最も重要となるのはクエストにおける味方の配置を行うこと。
配置可能な場所は決まっている。
まず黄色のグリッドには必ず誰かをセットする必要があり、ここに配置しないと戦闘開始できない。
濃い青のグリッドには「操作と行動指示が可能なユニット」を配置でき、薄い青のグリッドには「行動指示のみ可能なユニット」を配置できる。
サブクエストよりもメインクエストが大がかりなクエストとなり、出撃可能数は多くなる。
「おまかせ方針」はブリーフィング時のみ出現する項目。
指示がない場合のユニットの行動を設定するもの。
「攻撃重視」「防御重視」「待機」の3種類から選択できる。
また、「自動回復」のチェック欄をONにしておくとHPが減少して瀕死になった時に自動で傷薬を使うようになる。
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