キャラクターデザインは真4に引き続きアトラスの土居政之氏。
CV：下野紘
人外ハンター商会に見習いとして所属する15歳の少年。
ある日、悪魔に襲われて命を落とすが、黄泉の世界で悪魔と契約して甦る。
悪魔の力を手にした彼は、やがて大きな厄災に巻き込まれていく…。
CV：池田秀一
命を落とした主人公が、黄泉の国で出逢う魔神。
主人公を生き返らせる代わりに、自分の「神殺し」になるよう契約を持ち掛ける。
その真意は…？
CV：清家とも子
主人公の幼馴染にして、同じく人外ハンターの見習いである15歳の少女。
自分の父親のような立派な人外ハンターになるべく、何事にも一生懸命に、前向きに取り組む。
主人公と行動をともにするが、ときおり、冒険を通じて自分の無力さを痛感し、思い悩むこともあるようだ。
CV：大畑伸太郎
生前は「東のミカド国」で「サムライ」という職に就いていた18歳の青年(幽霊)。
つまらないことで命を落とし、成仏できずにいたが、自分を認識できる主人公と出会い、すかさず憑依する。
自信家でわがままな性格をしており、他人には不遜な態度で接するが、人々との出会いでみずからを見つめ直し始める。
CV：梶裕貴
前作「真・女神転生Ⅳ」主人公。
東のミカド国から東京に降り立った18歳のサムライ。天使や悪魔の勢力を次々と内倒し、救世主として東京の人々から尊敬されている。
前作では戦闘中ボイス以外では台詞がなかったが今作では他のキャラクター同様に話す。
CV：神谷浩史
フリンと同期のサムライ。神の戦車「メルカバー」に身を捧げており、すでに普通の人間ではなくなっている。
真面目で優等生だが、正義に愚直なために融通がきかない部分がある。
前作だとLAWエンディングの場合のパートナーとなる。
CV：小西克幸
フリン、ヨナタンと同期の東のミカド国のサムライだったが、悪魔王ルシファーとして生まれ変わっている。
ヨナタンと同じく普通の人間ではなくなっている。しかし人間の姿に戻ることも可能。
前作だとCHAOSエンディングの場合のパートナー。
CV：沢城みゆき
フリン、ヨナタン、ワルターと同期、しかし紅一点のサムライ。
前作だとヨナタンやワルターと違いどちらの属性にも傾くことのないキャラクターで、NEUTRALルートでのパートナーだった。
今作では多神連合にとらわれたフリンを救出するために主人公と行動を共にし、ナバールやアサヒと同様パートナーキャラとなる。
CV：園崎未恵
前作ではチャレンジクエストでのみ登場する脇役だったが、今回外見が設定されてメインキャラクターとして登場。金髪の姉御肌の女性。
前作ではFINALの主人公同様に人外ハンターだったが、妖精の森を治める妖精の女王となっている。アシストキャラクターとしは銃を使い、また彼女は写真が趣味なので「フォトフラッシュ」というようなスキルも使う。
CV：増田俊樹
阿修羅会の末端構成員である15歳の少年。同じく阿修羅会に所属する兄貴の命で、主人公たちを監視するべく行動をともにするが、少し気弱で、なぜか目立つことを避ける。愛用する悪魔「チロンヌプ」はアイヌ語で「キツネ」を意味し、人間に災難を伝える神獣とされている。
CV：前田剛
本作で登場する新たな勢力「多神連合」討伐の指令を受け、東のミカド国から東京にやって来た18歳のサムライ。
エリート家系の出身でうぬぼれがひどく、自意識過剰な性格。実はナバールの弟で、家名を汚した兄を強く憎んでいる。
CV：久野美咲
閉鎖された東京で生まれ育った14歳の少女。幼いころから自身の感情を表に出さないように育てられたため、極端に口数が少ない。
フリンを暗殺する任のため、主人公たちに同伴する。
CV：森田順平
前作で登場したキャラクター。人外ハンター商会のメンバー。
CV：てらそままさき
同じく前作で登場したキャラクター。フジワラと同じで人外ハンター商会のメンバー。
人外ハンターとして活動するその他の人々。ベテランハンターの「ニッカリ」、人外ハンター商会店主の「マスター」、先輩ハンターの「マナブ」などが登場する。
CV：神谷浩史
ルシファーに対抗するために四大天使が合体した最高位の熾天使。
＜神の戦車＞であるメルカバーは＜ケガレ＞を排斥し神々が統治する安全なる秩序の世界を望む。
CV：小西克幸
かつては熾天使だったが、神に背いて堕天した悪魔の王。
神の秩序を拒み、悪魔たちを率い＜強い者が望むだけ変えられる世界＞の実現を目指している。
CV：津田健次郎
メルカバーとルシファーが争う中、突如として現れた魔神。
多神教の神々を率い、多神連合を作る。「人類を救済する」と言い一神教勢力に戦いを仕掛ける。
CV：鶏冠井美智子
仏教において衆生を救済するという菩薩。
＜多神連合＞の一柱としてクリシュナに従い行動する。
CV：宮内敦士
北欧神話に登場する最高神。
多神連合の一員としてクリシュナと共に一神教勢力の打倒を目指す。
ギリシャ神話に登場するゴルゴーン三姉妹の末子。
とある人物に倒され封じられていたが、多神教の一柱として復活させられた。
美しい歌声で惑わせる人魚。
日本神話における神。クリシュナを封じた＜アーク＞を守護する国津神。
CV：松嵜麗
妖精の森の女王のノゾミと関係する、種族「妖精」の悪魔。このナパイアが主人公たちに助けを求めてきたことをきっかけに、ノゾミは主人公たちと行動を共にすることになるらしい。
CV：伊藤美紀
アイルランド神話における妖精の神。FINALの主人公を生き返らせて神殺しとした悪魔ダグザの母親。
種族は地母神で、ノゾミと行動を共にしている。
シュメール神話の豊穣の女神。地母神とも関連が深く、また「外敵を排除する」として伝えられており、主人公たちの前に立ちはだかる。
3代に渡り徳川将軍に仕えた長寿の僧侶。以前フリンに倒され岩石となっていたが、とあるきっかけで元の姿を取り戻す。
地獄の尚書長、地獄の王の衣装部屋係。本作ではルシファーの傘下として、主人公を襲う。
ギリシア神話に登場する半人半獣の神。
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