テキストは公式サイトより引用

ストーリー

『ライザのアトリエ2』の物語から約1年後。

クーケン島で日々を過ごすライザたちのもとに、突如、近海に謎の群島が出現したとの知らせが飛び込む。
“カーク群島”と名付けられたその島は、ライザたちの住むクーケン島に悪影響をおよぼしていることが判明。
クーケン島を救うため、ライザたちはさっそく調査へと向かう――

カーク群島の調査を進めると謎の遺跡へたどり着く。
遺跡の奥でライザたちが見つけたのは見上げるほど巨大な謎の扉。
さらに調べようと扉へ近づくと、突如ライザの頭に「万象の大典」へと導こうとする謎の声が聞こえる。

この扉の先に何があるのか、「万象の大典」とは何を意味するのか――
島を救う術を求めて、ライザたちは「鍵」と「錬金術の根源」をめぐる壮大な冒険へと旅立つのだった。