本作の戦闘システムは非常に複雑で奥深いものになっている。
ここでは戦闘の解説を掲載。
ただしここでは基本的なものに留めるので、以下については個別ページ参照。

フィールド上で敵のシンボルと接触すると戦闘に入る。
敵シンボルに対して杖、または斧などの採取道具を振って戦闘に入った場合は武器共通でT-LVが1上昇し、さらに道具ごとに何らかの特典がある。
採取道具の振りは杖が一番早いので当てやすい。採取道具の振り、特に斧やハンマーは遅いので当てにくい。
| 道具 | 振って戦闘に入った場合の共通特典 | 振って戦闘に入った場合の武器ごと特典 |
| 杖 | T-LVが1上昇する | - |
| 草刈り鎌 | 敵の攻撃力が20%低下 | |
| 斧 | 敵の防御力が20%低下 | |
| ハンマー | 敵のブレイク耐久値が20%低下 | |
| 捕獲網 | 敵の速度が20%低下 |

| 番号 | 名称 | 説明 |
| @ | キャラデータ | 最上段が操作キャラ。ゲージは上からHP、ブレイクゲージ |
|---|---|---|
| A | コマンド | XYABボタンそれぞれに対応したコマンド |
| B | WTとAP | 円形のゲージが満タンになると行動可能。APはスキル使用に必要で通常攻撃で増える |
| C | T-LV | タクティクスレベル。上昇すると特典がある |
| D | 敵データ | 敵のデータ。HP、ブレイクゲージ |
| E | 敵アイコン | 敵全員のアイコン。アイコン周囲がWTゲージで満タンになると行動 |

「WT(ウェイトタイム)」は行動した時に加算されるもの。
画面右下で表示されている円形のゲージはこれが減少していく様を表したものとなっていて、ゲージ満タンになった時=ウェイトタイムが0になった時、ということになる。
APとはパーティ全体で共有する値。WTゲージに囲まれた位置に表示される。
これを消費してスキルを繰り出すことができるので、溜まれば溜まるほど連続攻撃ができる。
APは現在のT-LVごとに溜めておける上限が違ってくる。
| 行動 | 獲得AP |
| 通常攻撃を行う | 1 |
|---|---|
| 敵を倒す | 1 |
| 敵をブレイクする | 5 |
| 敵をブレイクダウンする | 10 |
| ジャストガード成功 | 2 |
| アクションオーダーを成功 | 2 |
| シフトスキルを使用 | 2 |
| AP最大値 | T-LV | AP最大値 | T-LV |
| 20 | 1 | 25 | 2 |
|---|---|---|---|
| 30 | 3 | 35 | 4 |
| 40 | 5 |
T-LV(タクティクスレベル)とはAPと同じくパーティ全体で共有するもの。
戦闘開始時点ではLV1だが、APを消費するほどにレベルアップしていく。
T-LVが上昇すると以下の特典があり、戦闘が有利になる。
| TLV | 必要消費AP | AP最大値 | 連撃数 | その他 |
| 1 | - | 20 | 3 | - |
|---|---|---|---|---|
| 2 | 15 | 25 | 3 | キーメイク/チェンジ可能 |
| 3 | 30 | 30 | 4 | - |
| 4 | 60 | 35 | 4 | - |
| 5 | 120 | 40 | 5 | フェイタルドライブ使用可能 |

Yボタンを押すと時間が停止し、アイテム使用画面に移る。
アイテムは使用アイテムを「コアアイテム」として各キャラに装備したものが装備できる。
コアアイテムを使用するためにはアイテムごとに設定された「CC」を必要とする。
CCは初期状態では0だが、攻撃を命中させることで増加していく。
アイテム使用はWTが溜まらなくても使用可能で、この場合は「クイックアクション」と呼ぶが、クイックアクションを行うためにはAPを10消費する。
使用アイテムのアイテムレベルがキャラの「器用さ」を上回っていないと、適正な効果を発揮できないことに注意。この点から、器用さの高いライザとアンペルはアイテム要員として重要性が高い。
また、アイテム使用画面でL(L1)を押すとキーメイク、R(R1)を押すとキーチェンジが可能となる。
キーメイクは敵から秘密の鍵を作り出すもので、キーチェンジは秘密の鍵を使って一定時間パワーアップできるもの。それぞれのページ参照。
キャラのアクションはABXYボタンで選択する。
Rボタンを押している場合と押していない場合で同じボタンでもアクションが切り替わるので、コマンドは全8種類が存在する。

| ボタン | アクション | 説明 |
| A | 通常攻撃 | 通常攻撃を行う。初期状態では連続3回までだがT-LV次第で増える |
| B | 逃走 | 戦闘から逃走する。選択してからゲージが満タンになるまで時間がかかる |
| X | ガード | 敵の攻撃をガードするシールドを発生する |
| Y | アイテム画面 | コアアイテム使用、キーメイク/キーチェンジを行うアイテム画面表示 |

| ボタン | アクション | 説明 |
| A/B/X/Y | スキル | 各ボタンに設定したスキルを、APを消費して繰り出す。 |
戦闘中に十字キー上入力で「アグレッシブモード」に。
戦闘中に十字キー下入力で「サポートモード」に変化する。
これは操作キャラクター以外の行動の傾向を決定するもの。

上入力でアグレッシブモードとなり、画面の上下に赤い表示が出る。
以下のような特徴がある。

下入力でサポートモードとなり、画面の上下に青い表示が出る。
以下のような特徴がある。
全ての攻撃には属性が設定されている。
それに対して「耐性」か「無効」か「弱点」かで受けるダメージ、ブレイク耐久値へのダメージが変化する。
味方キャラクターならば装備品で耐性や弱点をコントロールでき、敵ならばそれぞれごとに耐性と弱点が設定されている。
| 対攻撃 | 結果 |
| 耐性 | ダメージ、ブレイク耐久値へのダメージ半減 |
| 無効 | ダメージ、ブレイク耐久値へのダメージ無効 |
| 弱点 | ダメージ、ブレイク耐久値へのダメージ2倍 |
まず攻撃には物理または魔法のいずれかの主属性がある。
その下に火、氷、雷、風の4つの副属性がある。
攻撃に設定されている主属性と副属性で弱点と耐性/無効が入り混じっている場合もある。
この場合、主属性の方が副属性よりも優先される。
例1:主属性「物理」に弱点で副属性「炎」に耐性の場合、弱点になる
例2:主属性「魔法」に耐性で副属性「風」に弱点の場合、耐性になる

味方側でも敵側でも、HPゲージと共に赤い目盛り状のゲージが表示されている。
これを減少させることで「ブレイク」、さらに「ブレイクダウン」状態にすることができる。
特にボス戦では強力な攻撃を放つためにチャージ状態に入った時にブレイクするとチャージを中断させることもできるので、これを狙わないと全滅の危機にもなる。
ブレイク耐久値へのダメージの大小は単純にダメージで決まるのではなく、攻撃の種類による。
ブレイク耐久値が攻撃を受けることで0になると「ブレイク」状態となる。
ブレイク状態では守りが弱くなり、その他ペナルティがある。
ブレイク状態になるとブレイクダウンゲージが表示され、これが0になると「ブレイクダウン」状態となり、ブレイク状態よりもさらに大きなペナルティが発生する。

逃走コマンドを選択した場合、画面中央にエスケープゲージが出現する。
これが左から右へと進み最大に到達すると戦闘から逃走できる。
ただし、ゲージが出現している時に攻撃を受けると逃走失敗となる。
もう一度逃走を行った場合、ゲージは前からの続きとなるのでより逃走しやすくなる。
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