
「機体改造」は2022年4月28日のアップデートで追加された要素。
各キャラが搭乗する機体を改造することができ、パワーアップさせられる。
第3章クリア後で、ゲーム内のCCCメニューで新たに追加される「格納庫」で行える。

機体改造ではSGを消費することで6つの項目のいずれかを強化することができる。
どれも10段階まで強化可能。
上昇する能力値は固定ではなく、割合となっている。
また、上昇する割合は各機体ごとに違う。
例えば、アストライアのアームを10段階改造した時は元から約1.19倍になるが、オリジナル・ワンの場合は約1.14倍ほど。

全ての機体改造を終えると各機体の「ファイナルフォーム」が解放され、「FF」と名のついた機体への乗り換えとフルカスタムボーナスが入手できる。
FFになると背中に翼が装着された姿になる。
| Lv | 費用 | Lv | 費用 |
| Lv.1 | 2000SG | Lv.2 | 3000SG |
| Lv.3 | 4000SG | Lv.4 | 5000SG |
| Lv.5 | 6000SG | Lv.6 | 8000SG |
| Lv.7 | 10000SG | Lv.8 | 12000SG |
| Lv.9 | 14000SG | Lv.10 | 16000SG |
| 機体 | フルカスタムボーナス |
| アストライア | ナノマシン |
| オリジナル・ワン | GEN+20%、クリティカルダメージ+20% |
| アマテラス | ATK/G-ATK+6% |
| ぺタソス | MOV+1 |
| ハーシェル | ウィルス無効 |
| ギャラクシースター | 両手剣マスター |
| コメット | 最大SP+15% |
| アルジャウザー | CRI+7% |
| イプシロン | デバフ無効 |
| ゼータ | DEF/G-DEF+6% |
| ネオ・マーズ | カウンター+15% |
| アマツミカボシ | AGI+10% |
| セレーネ | ワンサイドアタック |
| ドッグスター | 最大HP+20% |
| ラピス | ラッキーガード |
| フェレトリウス | カウンター+15% |
| クアドリガー | 最大SP+15% |
| 天武 飛鳥 | デバフ効果アップ |
| プリンススター | 被ダメージ10%減 |
| トライデン | 反撃の狼煙 |
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