ストーリー -メタルギアライジング リベンジェンス-

あの「ガンズ オブ ザ パトリオット」事件から4年──。
統制を失った民間軍事会社PMCは分裂を繰り返し、世界には新たな混乱がもたらされつつあった。
情報統制の終焉によるサイボーグ技術の流出も、それに拍車をかけた。
そんななか、一人のサイボーグがアフリカの新興国にて首相の護衛を請け負っていた。
かつて少年兵としてリベリア内戦に参加、斬り裂きジャック(ジャック・ザ・リッパー)の名で怖れられた男「雷電」。
過去を捨て、ジャックの名を捨て、平和的な要人護衛業務に就いていたはずの雷電だが、内戦を脱し復興を遂げたはずの国で、多数のサイボーグを擁する勢力に襲撃を受ける。
復興の立役者である首相は惨殺され、任務は失敗。
敵の用心棒サムは雷電の剣が「快楽を怖れている」と指摘、雷電は彼に敗れ左目と左腕を失うことになる。
調査の結果、敵勢力は「デスペラード・エンフォートメント」として米国に登記されたPMCであると判明。
さらにカレラが、米ロの思惑が交錯するアプハジアにて首都を占領したとの情報が入る。
雷電が所属するPMSC(民間軍事警備会社)「マヴェリック・セキュリティ・コンサルティング」の代表ボリスは、ロシア連邦保安庁からの根回しを受けて、首都奪還の業務を受注。
外観を度外視して戦闘能力を強化、黒いサイボーグとなった雷電は、デスペラード社とサムへの雪辱戦に赴く。
その脳裏には、サムの言葉が響き続けていた──。