設定

ダンガンロンパ各作品の本編とは関係がなく、各作品のキャラが希望ヶ峰学園で平和に生活しているパラレルワールドが本作「ハッピーダンガンロンパ」の舞台。
学園に籍を持つ超高校級の生徒たちの卒業を前に合宿が行われることになったが、学園の生徒だけでなく「希望ヶ峰学園附属小学校の生徒(モナカたち5人)」や「予備学科の生徒(日向創)」や「在学生の家族(苗木こまる、葉隠浩子)」にも参加枠が設けられて参加することになったという設定。

仮想空間へ

合宿は一か月半の期間行われるが、場所は現実ではなく仮想空間で行われることになる。
その仮想空間はスーパーダンガンロンパ2の舞台でもある、南国の島を再現したジャバウォック島。6つの島から成るのはスーパーダンガンロンパ2と同様。

トラブル発生

本来なら5つの「魔法のステッキ」を持つモノクマーズの管理の元、全員分の「希望のカケラ」を集めるまで参加者同士で交流が行われ、心身をはぐくむ合宿だったはずだが、ステッキを盗んだモノクマの悪戯によりアクシデントが発生。島のあちこちに「モノケモノ」が出現するようになってしまう。
モノケモノを消すことはモノクマーズたちでも不可能になり、合宿はモノケモノと戦いながら行うことになってしまう。

モノケモノに対抗しようとしてモノクマーズたちが力を合わせて生み出した「秘伝の書」は島のあちこちに散らばってしまうが、これを手に入れれば仮想空間内でのキャラクターたちが強化されるというので、これを手に入れるのも一つの目的となる。
各島をつなぐ橋には強力なモノケモノである「ボスケモノ」がいて、これを倒すためには秘伝の書を入手することが推奨されている。

あとは南国生活で鍛えるキャラを1人選択してボードゲームを行い、様々なイベントをこなして成長させ、希望のカケラを入手していくことになる。
→希望のカケラとストーリー進行