本作は基本的に一本道のストーリーだが、一部には分岐があり、そのチャプターを複数回行わないとコンプリートできない場合がある。
また、「あることを行わなくてもストーリーが進行してしまう」場合があり、それを行わないと一部のトロフィーやアイテムのコンプリートができないので見逃し、見落としが発生する可能性がある。
特に、ショップで一部のバッジやファッション購入のために必要になる交換専用のバッジ(バッジNo.323〜333)のうち、「アクシオン」「ディラトン」「ダイバリオン」「スフェルミオン」は入手できる数が限られるため、これが入手できるイベント等は全て逃さず行う必要がある。
ここではそれらを入手するために必要だが見逃しやすい要素を紹介する。
第1週5日目ではリンドウの「リスタート」を使って過去改変することになるが、ここでのリスタートは全チャプター通してでも最も複雑なものになっている。
目的の1つは「幽川舎の増援を減らす」であり、リスタートを使ってこれを達成していくのだが、全て行わなくても進行できてしまうので見逃しやすい。その時間軸で出来ることを全て行った場合はリスタートでの時間軸選択で「この時間でやれることはなさそうだ…」というリンドウのコメントが出る。また、出来ることを全て行うと「幽川舎メンバーに関われる時間帯はこれ以上ないはず…」という会話が発生し、「アクシオン」が入手できる。
アクシオンは完全に非売品。ショップでこれを使って交換できるバッジがあるため、足りないと全てのバッジを集められなくなるので注意。
第1週7日目でススキチを捜し出すことになるが、この日にいけるエリア全部で死神が道を封鎖していて、多くの死神のミッションが発生する。
目的地に行くだけならば全てのミッションを行う必要はないが、ミッションをクリアすればアイテムを入手できるので出来れば全てのミッションをクリアしてからストーリーを進行させよう。
第2週3日目では渋谷スクランブルバトルを行うことになるが、分岐が発生する。
まず、ヴァリーとピュアハートの談合を阻止するために「104ビル前」か「渋谷ヒカリエ前」を選んで制圧するということ。
これは104ビル前を制圧するのが正解で、制圧すると「ディラトン」を入手できる。
もう一つは、途中でチームを二手に分けるかどうかの選択。
これは両方のルートでそれぞれ1つずつ「ディラトン」を入手できるため、両方を入手するためにはチャプターをやり直す必要がある。
フレットの固有サイキックである「リマインド」は特定の図柄を作るというもの。
ストーリー進行のほか、サブイベントでも行う必要がある場合がある。全ての図を作成するとトロフィーとグラフィティで「ラクガキマスター」を入手できる。
一つだけ見落としやすいのが、第1週5日目のスクランブル交差点のもの。幽川舎のメンバーに合言葉を話すという場面で、一発で成功してしまうとリマインドの必要がなく終わってしまう。合言葉は「清い」「流れが」「駆ける」が正解だが、ここは一度、合言葉をわざと間違えるようにしよう。
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