ストーリー

冒険の舞台は、『ポケットモンスターブラック・ホワイト』から2年後のイッシュ地方！ 冒険の舞台を示す、凍りついた1枚の地図は、2年後のイッシュ地方に起きた異変と、どのような関係があるのだろうか。

今回の冒険は、「ヒオウギシティ」という街から始まる。イッシュ地方の南西に位置している街。
前作にはなかった施設や建物が多数登場する。

ブラックキュレムは『ポケットモンスターブラック２』に、ホワイトキュレムは『ポケットモンスターホワイト２』に登場。その他のポケモンも、『ポケットモンスターブラック２・ホワイト２』で出会えるものが異なるぞ。一部のダンジョンや街もブラックとホワイトで違う。
その他、ジョインアベニューでは、『ポケットモンスターブラック２』と『ポケットモンスターホワイト２』のどちらとすれちがい通信をしたかによって、お店の品揃えが変わるのだ。また、フェスミッションでは、遊ぶことのできるミッションが異なっているぞ！