第1話 黒ひげからの刺客
| 推奨レベル | Lv.22 |
| 勝利条件 | ペローナとチョッパーの救出 |
| 敗北条件 | 味方いずれかの敗走または味方本拠地の陥落 |
| 仲間 | 白ひげ、ペローナ、チョッパー、海賊隊長 |
| Sコイン | SC1：No.503：1000人撃破 SC2：No.445：味方の誰もやられずにエネルを出現させる SC3：No.395：総合Sランクを獲得する |
| 参考記録 | 撃破数1674でS 被ダメージ4898でA タイム：16分27秒82でA |
| クリアボーナス | 10000 |
| ベリー獲得 | 780000 |
| クリア報酬 | くまがプレイ可能に・仲間エピソード「くま編」が出現 |
攻略チャート
- 孤立したペローナとチョッパーを救出するのが目的となる。
- 南側にはルッチとブルーノが出現する。北側が手薄となっているが、2人を倒せとの指示が出る。
- ルッチを倒した時点でペローナとチョッパーのところへ行けるようになる。救出へいこう。
- エネルが中央東に出現する。雷でペローナを狙うので倒しにいこう。少し体力を減らすと撤退する。
- ルッチとブルーノが再度出現。南東と北東に出る。ルッチとブルーノはチョッパーを、エネルは雷でペローナを狙う。ルッチを倒すと中央北にエネルが出現する。体力を半分くらいにすると逃げるので追いかけて倒そう。
- 中央の4つの砦に空島兵隊長が現れる。さらにルッチとブルーノが三度出現する。
- くまが味方として西に出現する。狙われるので援護しにいこう。ルッチとブルーノを倒す。
- 中央東にエネルが出現する。これを倒せば勝利となる。
第2話 剣客襲来！
| 推奨レベル | Lv.24 |
| 勝利条件 | ミホークの撃破 |
| 敗北条件 | 白ひげかブルックかジョズの敗走または味方本拠地の陥落 |
| 仲間 | 白ひげ、ブルック、ハンコック、ジョズ、門兵 |
| Sコイン | SC1：No.495：1000人撃破する SC2：No.464：味方の誰もやられずにゾロを出現させる SC3：No.434：総合Sランクを獲得する |
| 参考記録 | 撃破数1837でS 被ダメージ6128でB タイム：23分16秒28でS |
| クリアボーナス | 11000・麦わら一味の愛用品のスキルノート |
| ベリー獲得 | 900000 |
| クリア報酬 | ミホークがプレイ可能に・仲間エピソード「ミホーク編」が出現 |
攻略チャート
- 西の広場を最初に制圧する。
- 次ははっちゃんとビスタを狙う。ビスタは敵陣の奥にいるので最初ははっちゃんを狙うとよい。
- ミホークとカクが東側に出現する。ミホークは少し体力を減らすと去る。
- 西の広場の合流地点へ味方が移動するので邪魔な敵を倒す。ジョズがやられる可能性が高いので注意。
- 全員が合流地点へ集合すると、ゾロが敵として北に、ビスタは西に、カクは南に出現する。カクとビスタから倒していこう。
- 少し経つと静観していたミホークが敵軍を抜ける。しかし第三軍として結局敵に。東に出現するので倒そう。またカクとビスタも現れる。ミホークを倒すと味方になる。
- ゾロが本拠地へ向けて移動を開始する。西広場あたりに敵が集中してくる。ミホークを倒すのに時間をかけると危ない。
- 後は本拠地にいるゾロを倒せば勝利。
第3話 砂漠の島の宿敵
| 推奨レベル | Lv.26 |
| 勝利条件 | ロビンの撃破 |
| 敗北条件 | クロコダイルか白ひえの敗走または味方本拠地の陥落 |
| 仲間 | 白ひげ、ルフィ、ナミ、クロコダイル、海賊隊長 |
| Sコイン | SC1：No.496：1000撃破 SC2：No.431：味方の誰もやられずにロビンを出現させる SC3：No.472：総合Sランクを獲得する |
| 参考記録 | 撃破数1972でS 被ダメージ8416でB タイム：19分43秒65でA |
| クリアボーナス | 12000 |
| ベリー獲得 | 1040000 |
| クリア報酬 | クロコダイルがプレイ可能に・仲間エピソード「クロコダイル編」が追加 |
攻略チャート
- ロビンの分身が各所にいる。西、北、中央に。倒すとクロコダイルの部下がクロコダイルの救援へ向かうのでまずロビンの分身を倒す。
- ブルーノとカク、ジャブラも出現する。北東のクロコダイルがいる砦へ向かうので救援へ。
- 3人とも倒すと今度は南にMr.2、南東にMr.3が現れる。
- どちらかを倒すと海兵隊長が3体出現。Mr.2とMr.3を倒すとクロコダイルが単体で第三軍として北東に出る。倒すと味方になる。
- 北、西、東にCP9の3人がまた出てくる。しかし近づくとブルーノの力で瞬間移動してしまう。
- クロコダイルがブルーノに近づくと動きを止めてくれる。プレイヤーが先にブルーノに近づいてしまうとブルーノは逃げるので、クロコダイルが先行するようにしよう。
- ブルーノの動きが止まったら倒す。残りのCP9も倒す。
- 後は本拠地へ攻め込んで、本物のロビンを倒す。
第4話 呪縛から解き放て！
| 推奨レベル | Lv.27 |
| 勝利条件 | ウソップ、ロビンの撃破 |
| 敗北条件 | 白ひげの敗走、または味方本拠地の陥落 |
| 仲間 | 白ひげ、ペローナ、クロコダイル、イワンコフ、海賊隊長 |
| Sコイン | SC1：No.497：1000人撃破する SC2：No.450：味方の誰もやられずに南西にゾロとサンジが出てくる段階まで進む SC3：No.452：総合Sランク獲得する |
| 参考記録 | 撃破数2096でS 被ダメージ4994でS タイム：19分54秒14でS |
| クリアボーナス | 12500 |
| ベリー獲得 | 1080000 |
| クリア報酬 | ウソップ、ロビンがプレイ可能に・仲間エピソード「ウソップ編」「ロビン編」が出現 |
攻略チャート
- 本拠地近くにゾンビ隊長が出現するので倒す。南の方にも出現するので全て倒す。
- クロコダイルやイワンコフは先のほうへ突っ込んでしまうので体力を見て注意しよう。
- ロビンの分身が出現されウソップの狙撃が開始される。
- ペローナに近づくと隠し部屋に城門の開閉スイッチがあることがわかる。ペローナを援護することに。最南端の道を西へ進む。ゾンビ隊長を倒さないとペローナの進軍が止まる。
- 南西広場を制圧する。北へ進む。ペローナが西に到達するとウソップのいる隠し部屋に入れる。ウソップを倒すとペローナがスイッチを押して、城門が全て開く。
- 城内にいるゾンビ隊長を狙っていく。全て倒すとゾロとサンジが南西に出現する。モリア、ウソップ、ロビンが南西に向かう。
- モリアは放っておいていい。目標のロビンとウソップを倒そう。
第5話 開け放たれた地獄の門
| 推奨レベル | Lv.28 |
| 勝利条件 | マゼランの撃破 |
| 敗北条件 | 白ひげの敗走、または味方本拠地の陥落 |
| 仲間 | 白ひげ、エース、マルコ、海賊隊長、囚人 |
| Sコイン | SC1：No.506：1000人撃破する SC2：No.463：味方の誰もやられずにマゼランを出現させる SC3：No.507：総合Sランクを獲得する |
| 参考記録 | 撃破数1885でS 被ダメージ5241でB タイム：11分18秒21でS |
| クリアボーナス | 13000 |
| ベリー獲得 | 1120000 |
| クリア報酬 | バギーがプレイ可能に・仲間エピソード「バギー編」が出現 |
攻略チャート
- 中央西の砦にビスタがいる。エースとマルコがビスタの近くに移動するように援護する。エースだけ先走ってビスタのところに行くのに、マルコは敵にかまってなかなか進まない。早めに制圧してビスタがエースに追いつくようにしよう。エースがピンチになったら救出で回復させよう。
- エースとマルコの2人ともが説得するとビスタが正気に戻り味方になる。北東が開門されてハンニャバルが襲ってくる。
- 同時に、味方にMr.3が現れ、それを狙う海兵隊長も出現する。これらを倒そう。
- バギーが逃げてくるムービーが入る。第三軍のバギーを倒すと味方になる。以降、敗北条件に「バギーの敗走」が加わる。
- 本拠地に対してマゼランが毒攻撃を開始する。マゼランは北西におり、開門されるので倒しにいこう。
- マゼランは攻撃力が非常に高く危険な敵。前作でも強敵だったが、非常に範囲の広い毒攻撃を使ってくるので慎重に戦う必要あり。全身が毒状態になったらスタイルアクションで対抗する。使えない場合は素直に逃げよう。
第6話 仲間を取り戻せ！
| 推奨レベル | Lv.28 |
| 勝利条件 | ティーチの撃破 |
| 敗北条件 | 白ひげの敗走、または味方本拠地の陥落 |
| 仲間 | 白ひげ、ミホーク、ロビン、海賊隊長 |
| Sコイン | SC1：No.501：1000人撃破する SC2：No.462：味方の誰もやられずにティーチを倒す SC3：No.439：総合Sランク獲得する |
| 参考記録 | 撃破数1480でS 被ダメージ7961でB タイム：15分39秒67でS |
| クリアボーナス | 13000・決戦のスキルノート |
| ベリー獲得 | 1120000 |
| クリア報酬 | ゾロ、サンジがプレイ可能に・仲間エピソード「ゾロ編」「サンジ編」出現 |
攻略チャート
- 最初にすべきことは初期位置から南にある中央砦の制圧。ここにはゾロとサンジがいる。
- どちらも倒すと北にクリークが出現する。毒ガス弾の準備を始める。
- 南にはアーロンとワポルが出現する。アーロン、ワポルがいる砦の開門がされるとクリークの毒ガス弾が襲ってくる。北側のクリークを狙おう。
- 次は南から迫るアーロンとワポルを倒す。
- 次は最南端のティーチを目指す。南の砦を制圧すると最南端への門が開く。
- 最南端への門が開いた時点でゾロとサンジが、北東と北西から進んでくる。ティーチを倒すとゾロとサンジは撤退する。
- しかしすぐにまた北東と北西に出現する。脱出のために最南端を目指す。ゾロとサンジに逃げられるとゲームオーバーとなってしまう。
- サンジにはロビン、ゾロにはミホークがついて食い止める。急いでどちらも倒そう。倒すとそれぞれ正気に戻り、終了。